军人协议离婚程序有特殊规定，需符合《军队贯彻实施<中华人民共和国婚姻法>若干问题的规定》第十一条的规定，办理相关手续后才能带齐相关材料去民政局办理登记离婚。具体如下：
       现役军人离婚，应当严肃慎重，不得违反国家的法律法规和军队的纪律，不违背社会公德。  
       双方均为现役军人，双方自愿离婚或一方要求离婚的；当事人所在部队领导或政治机关应当进行调解；调解无效，并符合《婚姻法》规定的离婚条件的，由政治机关出具证明后，方可到婚姻登记机关申请离婚或向法院提出离婚诉讼。
       配偶是地方人员，军人一方要求离婚的，所在部队政治机关领导应当视情进行调解；符合《婚姻法》规定的离婚条件，并经对方同意，政治机关方可出具证明同意离婚；如军人一方坚持离婚；对方坚决不同意离婚的，部队可商请对方所在单位或地方有关部门进行调解，调解无效的，政治机关出具证明，由当事人向法院提出离婚诉讼。
       配偶是地方人员，配偶一方要求离婚，军人一方同意离婚的，政治机关可出具证明同意离婚；军人一方不同意离婚的，政治机关不得出具证明。但经政治机关查实军人一方确有重大过错的除外。